Принц решает навестить королевство своего старшего брата Малика, дабы поучиться у него боевому искусству, но находит его под осадой вражеской армии. Пытаясь избавиться от захватчиков, с помощью магического медальона, состоящего из двух частей, Малик выпускает на свободу таинственную армию Соломона. Однако, вырвавшись на свободу, она превращает всех жителей королевства в песчаные статуи.
Действие игры начинается после открывающей сцены фильма 007: Координаты «Скайфолл», но до дальнейших событий фильма: Бонд тяжело ранен во время исполнения миссии в Стамбуле. Пока его жизнь висит на волоске, Бонд начинает вспоминать прошлые приключения — операцию по разрушению «Гран Слэм», поджогу «Пиз Глория», месть нарко-барону Франку Санчесу, встречу с Густавом Грейвсом и борьбу с миллионером Хьюго Драксом.
События Crysis разворачиваются в недалёком будущем, на островах Лингшан в Филиппинском море. Согласно сюжету игры, эти острова уже не первый раз волнуют общественность конфликтами развивающимися на своей территории.
События второй части Крайзис происходят спустя три года в 2023 году, после заварушки на острове Лингшан. Информация о боестолкновениях спецподразделений США с Корейской армией, а также о стычках с пришельцами, была засекречена. И вот спустя три года в Нью Йорке разыгрывается эпидемия странной инфекции.
Сюжет игры Crysis 3 берет свое начало через чуть более чем двадцать лет после окончания второй части. Компания под названием "C.E.L.L.", пытавшаяся в "Crysis 2" справиться с эпидемией, по сути захватила всю планету, став мировым энергетическим монополистом. Через махинации с ценами на "почти бесплатную" энергию (как оказалось - прямо из мышеловки), корпорация заключила почти все население планеты в долговое рабство. В этот момент вспыхивает восстание, и отряд повстанцев освобождает из плена "Пророка", которого собирались уже уничтожить. Внезапно оказалось, что отрядом спасения командует десантник, который был одним из тех трех выживших солдат в нанокостюмах, которые высаживались на тропическом острове в первой части игры. Его позывной - "Псих", и если он еще тогда своим характером оправдывал кличку, то теперь свихнулся окончательно, поскольку его насильно отсоединили от костюма, что сильно сказалось на психике. Десантник просит бывшего командира (от которого в костюме осталось одно только сознание) помочь с уничтожением диктаторской корпорации. В ходе саботажных мероприятий протагонист уничтожает один из главных энергетических центров компании и узнает, что энергия там извлекалась из каким-то образом плененного вожака инопланетян-захватчиков, с которыми игрокам приходилось сталкиваться в предыдущих частях - "цефалоподов". Вырвавшись на свободу, "альфа-цеф" вызывает на планету своих сородичей, чтобы с новой силой заняться захватом Земли. Дальше "живому нанокостюму" приходится снова сражаться со старыми врагами, которые теперь частично стали его сородичами, причем нередко используя их же оружие.
