Сюжет вертится вокруг тайного общества, Культа Космоса, чьи последователи хотят получить контроль над Грецией и охотятся за артефактами Первой цивилизации. Заодно они собираются искоренить династию Леонида как возможных противников, способных помешать задуманным планам. Все это происходит в подходящий исторический период — 431 год до нашей эры, самое начало Пелопоннесской войны. Два города-государства, Афины и Спарта, сражаются за власть в регионе, а Культ Космоса использует этот конфликт в своих целях. Главной задачей Алексиоса и Кассандры становится охота на адептов Культа, но в то же время игрок может выбрать любую из сторон в войне.