Главным героем «Metro: Last Light» вновь становится Артём, которому на этот раз приходится предотвратить гражданскую войну между обитателями московского метро. Уничтожив Чёрных, орден «Спарта» перебрался в Д-6. Хан, тайком пробравшись в казармы, будит видящего кошмар Артёма и говорит, что был на пепелище улья чёрных и видел там одного из них. Хан объясняет Артёму, что уничтожение Чёрных — худшая ошибка в истории человечества. Артём и Хан отправляются к Мельнику, чтобы тот отпустил их на пепелище. Но у Мельника на этот счёт своё мнение — он приказывает увести Хана, так как не верит ему, и отправляет вместе с Артёмом свою дочь, Анну, чтобы они уничтожили последнего чёрного. Когда Анна и Артём уходят, Мельник отдаёт приказ двум своим помощникам догнать и остановить Лесницкого — рейнджера Спарты, который, тайно работая на Красную Линию, похитил чемоданчик со смертельным вирусом из хранилища Д-6 и сбежал.