В качестве главной новой угрозы, которая зарится на последнее пристанище людей, числится группировка «Кабал», с кем мы впервые столкнулись ещё в оригинале. По сюжету даже логически объяснили, почему стражи потеряли свой «шмот»: враги внезапно атаковали цитадель и уничтожил хранилище.
Продолжая события первого Assassin’s Creed, вторая игра серии погружает нас в Италию эпохи возрождения. Похищенному Дезмонду Майлсу грозит отойти в мир иной из — за несовершенства используемой на нем машины «Анимус». Люси Стиллман вместе с двумя героями нынешнего времени, освобождают горе бармена из плена злой корпорации. Дезмонд узнает, что современное братство ассасинов, так же создали машину для извлечения генетических воспоминаний, но признаков шизофрении, после ее частого использования, у главного героя наблюдаться не будет.Стоит заметить, что от постоянного нахождения в Анимусе, созданном в Абстерго, у потомка ассасинов, в результате некоего «эффекта просачивания», стали проявляться способности его предков. Используя эффект просачивания и следуя по воспоминаниям еще одного предка Дезмонда — Эцио Аудиторе да Фиренце, братство ассасинов предлагают главному герою развить личные навыки в мастерстве бесшумных и не очень убийств, а так же отыскать когда – то потерянные Частицы Эдема.
Прошло много лет с тех пор, как Кратос свершил свою месть над богами Олимпа и даровал силу Надежды всему человечеству. Кратос покинул Грецию и ныне живёт отшельнической жизнью на далёком севере, в суровом мире Скандинавских богов и монстров, именуемом местными Мидгардом. Там он нашёл любовь в лице смертной женщины-воина Фэй, которая родила от спартанца сына Атрея. Мальчик рос с матерью, которая учила его охоте и стрельбе из лука «Когтя», которая сама ему сделала, разным языкам в Девяти Миров, а также рассказывала ему о богах и обитателях Мидгарда. В то время Кратос мало уделял внимания сыну, предпочитая своё одиночество, стараясь скрыть как своё прошлое, так свою божественную сущность. Однако Фэй умерла, оставив Кратосу свой боевой топор «Левиафан» и просьбу сжечь её, а прах развеять «на самой высокой точке Девяти Миров». Также она просит позаботиться об Атрее.
