40-летний Эцио Аудиторе да Фиренце поднялся на вершины иерархии ордена после окончания событий игры Assassin's Creed II. Отомстив убийцам отца и братьев, он покинул Рим и наслаждается жизнью на своей вилле. Некогда могучий Рим лежит в руинах. Город полон страданий, его граждане живут в тени беспощадной семьи Борджиа. Лишь один человек способен освободить людей от тирании – Эцио Аудиторе, мастер Ассасин. Это приключение послужит испытанием его способностей. Чезаре Борджиа, более опасный и злобный враг, чем его отец Родриго, не успокоится, пока не захватит всю Италию. В эти ужасные времена повсюду царят заговоры, даже в рядах самого Братства.